İlk, orta ve lise eğitimini Niğde’de tamamladıktan sonra 3 adet lisans eğitimini Karadeniz Teknik Üniversitesi, Orman Endüstri Mühendisliği Bölümü (1994), Anadolu Üniversitesi İşletme Bölümü (2005) ve yine Anadolu Üniversitesi Yönetim Bilişim Sistemleri Bölümü'nde (2019) tamamlamıştır. Yüksek Lisans eğitimini 1997 yılında Karadeniz Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Orman Endüstri Mühendisliği ABD, Orman Endüstri Makinaları ve İşletme bilim dalında yapmıştır. Doktora eğitimini ise Bülent Ecevit Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Orman Endüstri Mühendisliği ABD’da (2002) tamamlamıştır. Bülent Ecevit Üniversitesi, Sosyal Bilimler Enstitüsü, İşletme, Sayısal Yöntemler alanında bütünleşik doktora yaparak, ikinci doktorasını 2019 yılında tamamlamıştır. 2010 yılında doçent, 2021 yılında ise Profesör unvanı almıştır.

Alper Aytekin 2009 yılında kurucu bölüm başkanlığını yaptığı Bartın Üniversitesi, İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi, Yönetim Bilişim Sistemleri bölümünden 2024 yılında ayrılarak Niğde Ömer Halisdemir Üniversitesi, İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi, Yönetim Bilişim Sistemleri bölümüne geçiş yapmıştır. Yönetim Bilişim Sistemleri ile Bilişim Sistemleri ve Teknolojileri Bölümlerinin Bölüm Başkanlıkları görevini yürütmektedir.

Bilişim sistemleri, bilgisayar programlama, bilgi yönetimi, sayısal yöntemler ve karar verme teknikleri alanlarında çalışmaktadır.